Die UNESCO hat auch ein „Alarmsystem“ eingerichtet für den Fall, dass Stätten des Welterbes bedroht sind: Naturkatastrophen, Kriege, aber auch die Errichtung von neuen Bauwerken zählen zu den Gefahren. Die Rote Liste ist ein dringender Appell der UNESCO an den jeweiligen Staat, aber auch an die internationale Gemeinschaft, sich für die Bewahrung dieses Erbes einzusetzen und die erforderlichen Maßnahmen zu treffen. Sie ist damit Warnung und Hilfe zugleich.
Derzeit stehen 55 Welterbestätten auf der Roten Liste. Dazu zählen etwa die Stadt Aleppo, die durch den syrischen Bürgerkrieg massiv zerstört wurde, der Nationalpark Garamba im Kongo, dessen weiße Nashörner durch Wilderer bedroht sind oder Timbuktu. Die Stadt gehört seit 1988 zum Weltkulturerbe. Seit Ende Juni 2012 stehen die Heiligtümer von Timbuktu auf der roten Liste der gefährdeten Welterbestätten aufgrund der Zerstörung von Moscheen und Mausoleen in der Weltkulturerbestadt durch radikale Islamisten. Wenn auch die Eintragung einer Stätte in die Rote Liste als Mahnung keinen Erfolg hat, ist – als letzte Maßnahme – die Streichung aus der Welterbeliste vorgesehen. 2007 ist dies erstmals geschehen, im Fall eines Reservats für die Arabische Oryx-Antilope im Oman. Eingetragen wurde dieses Wüstengebiet 1994, damals war es Heimat von etwa 450 der seltenen Antilopen. Heute leben nur mehr 65 Tiere im Schutzgebiet, nur vier Paare haben Nachwuchs. Nachdem das Sultanat das Schutzgebiet um 90 % reduzieren wollte und der Bestand der Antilopen sich dramatisch verkleinert hatte, wurde dieser drastische Schritt vom Welterbekomitee bei seiner Sitzung in Neuseeland gesetzt. Auch das Dresdner Elbtal in Deutschland, 2004 zum Weltkulturerbe ernannt, rutschte bereits 2006 auf die Rote Liste der gefährdeten Stätten. Zuvor war bekannt geworden, dass die Stadt für rund 160 Millionen Euro eine vierspurige Elbquerung mitten durch das Tal bauen will. Trotz Mahnungen der Welterbe-Hüter hatten in Dresden 2007 schließlich die Bauarbeiten für die Waldschlösschenbrücke begonnen. Sie zerschneidet das Tal irreversibel und zerstört somit die erhaltenswerte Kulturlandschaft, weshalb das Welterbekomitee bei seiner Sitzung in Sevilla 2009 dem Dresdner Elbtal den Welterbestatus aberkannt hat.